Wniesienie skargi do sądu administracyjnego na decyzję o pozwoleniu na budowę nie wstrzymuje wykonania pozwolenia na budowę. Pomimo zaskarżenia pozwolenia na budowę inwestor może rozpocząć roboty budowlane.
Na wniosek skarżącego Sąd Administracyjny może wstrzymać wykonanie w całości lub w części pozwolenia na budowę, jeżeli zachodzi niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania trudnych do odwrócenia skutków. Prawo wstrzymania dotyczy także aktów wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach tej samej sprawy.
Składanie do sądu administracyjnego skarg na pozwolenia na budowę ma różne przyczyny. Zdarza się, że skargi są składane tylko w celu wstrzymania wykonalności pozwolenia na budowę i opóźnienia rozpoczęcia inwestycji. W przypadku wstrzymania przez sąd wykonalności pozwolenia na budowę, w praktyce inwestycja zostaje wstrzymana na wiele miesięcy, do czasu rozstrzygnięcia sprawy sądowej.
Inwestor ma jednak narzędzia, którymi może zwalczać wniosek o wstrzymanie wykonalności zaskarżonego do sądu pozwolenia na budowę. Inwestor może m.in. żądać uzależnia przez sąd wstrzymania wykonania decyzji od wpłacenia przez skarżącego kaucji na zabezpieczenie roszczeń inwestora z powodu braku możliwości rozpoczęcia inwestycji budowlanej bezpośrednio po uzyskaniu ostatecznego pozwolenia na budowę.
Inwestor, dysponujący ostateczną decyzją o pozwoleniu na budowę, w przypadku zaskarżenia pozwolenia na budowę do sądu administracyjnego wraz z wnioskiem o wstrzymanie wykonalności takiej decyzji, może żądać wpłacenia kaucji. Jeżeli sąd nałoży obowiązek wpłacenia kaucji, a kaucja nie zostanie wpłacona, żądanie wstrzymania zaskarżonej decyzji będzie nieskuteczne.
Sąd ustalając wysokość kaucji powinien kierować się rozmiarem potencjalnej szkody spowodowanej wstrzymaniem wykonania pozwolenia na budowę.
Na postanowienie sądu o wyznaczeniu kaucji nie przysługuje zażalenie. Nie oznacza to jednak, że skarżący pozwolenie na budowę nie może kwestionować rozstrzygnięcia w przedmiocie kaucji. Postanowienie o wyznaczeniu kaucji poprzedza postanowienie o wstrzymaniu wykonania zaskarżonego pozwolenia na budowę. Na postanowienie o wstrzymaniu wykonania decyzji służy zażalenie do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Na wniosek strony Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje natomiast również te postanowienia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, które nie podlegały zaskarżeniu w drodze zażalenia, a miały wpływ na rozstrzygnięcie sprawy, w tym również sprawy zakończonej postanowieniem (czyli w rozważanej sytuacji postanowieniem o wstrzymaniu wykonania pozwolenia na budowę).